Молодая девушка по имени Сараса Фид в детстве осталась без родителей и была отправлена в приют. Там она начала мечтать стать алхимиком и открыть свой собственным магазин, но для этого ей нужна лицензия.
Тогда Сараса решила, что путь ее лежит в Королевскую алхимическую академию, чтобы исполнить свою мечту, но пока училась там, так и не смогла обзавестись друзьями. Однако, это не помешало ей стать хорошей ученицей, а больше всех девушка общалась с женщиной из магазина в академии по имени Офелия Миллис, которая стала ее наставницей.
Так пролетели пять учебы и девушка выпустилась, став одной из лучших учениц и настала пора отправляться в свое собственное путешествие.
По наставлению Офелии, девушка отправляется в далекую деревеньку, окрестности которой богаты алхимическими ингредиентами и открывает там свой магазинчик.
Таким вот образом и начинается история главной героини аниме "Магазинчик начинающего алхимика", которой предстоит еще многое узнать и столкнуться с разными проблемами, а так же познакомиться с новыми людьми и повстречать верных друзей.
