В недалеком будущем произошел произошла террористическая атака на одну из лабораторий, результатом этого стало то, что на свободу вырвался вирус, который распространился по планете и вызвал изменения в мозге у людей и теперь они стали видеть существ, которых прозвали "фантомами".
Главный герой аниме "Мириады цветов фантомного мира" по имени Харухико Итидзё, который учится в академии Осия. Именно в этом месте собирают школьников, таких же как Итидзё, которые обладают способностями и могут бороться с фантомами.
